Walaupun Calvin menyingkirkan saingan peribadinya, dia kehilangan wewengan moralnya. Pelaksanaan yang tidak adil terhadap Servetus menimbulkan kemarahan orang-orang yang rasional di seluruh Eropah, dan menjadi hujah yang sangat kuat bagi para pejuang kemerdekaan individu yang mendesak bahawa seseorang tidak boleh dibunuh kerana kepercayaan agamanya. Para pejuang itu semakin bertekad untuk terus memperjuangkan kebebasan beragama.

Penyair Itali Camillio Renato memprotes, "Baik Allah maupun roh-Nya tidak menganjurkan tindakan demikian. Kristus pun tidak melayan orang-orang yang menyangkal dia dengan cara demikian. "Dan humanis Pranis, Sebastien Chateillon menulis," Membunuh seseorang tidaklah melindungi suatu doktrin, itu tetap suatu pembunuhan. "Servetus sendiri pernah berkata, "Saya menganggap hal yang serius bila orang-orang dibunuh hanya kerana mereka salah dalam menafsirkan Alkitab, apalagi kalau kita tahu bahawa orang-orang yang dipilih pun boleh terjerumus ke dalam kesalahan."

Berkenaan kesan yang sangat kuat dari pelaksanaan Servetus, buku Michael Servetus-Intellectual Ciant, Humanist, and Martyr berkata, "Kematian Servetus merupakan titik balik dalam ideologi dan cara berfikir yang umum sejak abad keempat." Buku itu juga mengatakan, " dari sudut pandang sejarah, Servetus mati agar kebebasan hati nurani dapat menjadi hak sivil seseorang dalam masyarakat moden. "

Pada tahun 1908, sebuah monumen untuk Servetus ditubuhkan di bandar Annemasse, di Perancis, kira-kira 5 kilometer dari lokasi dia dibunuh. Di sana, terdapat sebuah tulisan yang berbunyi, "Michael Servet [us], ahli geografi, tabib, ahli psikologi, telah menyumbang bagi kesejahteraan manusia melalui penemuan-penemuan ilmiahnya, pengabdiannya terhadap orang sakit dan miskin, dan perjuangan yang gigih demi kebebasan berfikir dan berhati nurani ... Keyakinannya tak berbelah bahagi. Dia mengorbankan hidupnya demi kebenaran. "

Usaha pencarian Servetus akan kebenaran telah membuatnya menggunakan nama Yehuwa. Beberapa bulan selepas William Tyndale menggunakan nama ini dalam terjemahan Pentateuch-nya, Servetus menerbitkan buku On the Errors of the Trinity-yang di dalamnya ia menggunakan nama Yehuwa. Dalam karya ini ia menjelaskan, "Nama lain, yang paling kudus dari semuanya, [Yehuwa], dapat diertikan sebagai berikut, .. 'Ia yang menyebabkan ada', 'Ia yang menjadikan ada', 'penyebab existensi'. Dia mengatakan, "Nama Yehuwa dengan tepat hanya disandang oleh sang Bapak."

Pada tahun 1542, Servetus juga mengedit Alkitab terjemahan Latin oleh Santes Pagninus yang terkenal. Dalam catatan pinggirnya yang menyeluruh, Servetus kembali menonjolkan nama ilahi. Dia menyenaraikan nama Yehuwa dalam catatan pinggir dari ayat-ayat kunci seperti Mazmur 83:18, yang memuat kata "Tuhan" dalam teks ayat itu. "

Dalam karya tulisannya yang terakhir, The Restitution of Christianity, Servetus mengatakan berkenan nama ilahi, Yehuwa, "Jelaslah ... bahawa ada banyak yang mengucapkan nama ini pada zaman dulu."